南水北調工程的根本目标是改善和修複北方地區的生态環境。由于黃淮海流域的缺水量80%分布在黃淮海平原和膠東地區，因而有限實施東線和中線工程勢在必行；在黃淮海平原和膠東地區的缺水量中，又有60%集中在城市，城市人口和工業産值集中，缺水所造成的經濟社會影響巨大。因此，确定南水北調工程近期的供水目标為解決城市缺水為主，兼顧生态和農業用水。

南水北調東線和中線工程涉及7省（直轄市）的44座地級以上受水區為京、津、冀、魯、豫、蘇的39座地級及其以上城市、245座縣級市（區、縣城）和17個工業園區。

把南水北調工程近期的主要供水對象确定為城市，原因是城市人口相對集中，耗水量和缺水量大；城市經濟、社會發展較快，受水資源制約嚴重；城市中企業、居民具有一定的水價支付能力，有利用貸款的償還。

通水後，在保證城市發展需水量的同時，可逐步置換被擠占的農業及生态用水，限 制超采地下水、利用豐水年增加北調水量，恢複和改善地下水環境，增加農業、生态用水量。